開祖は行基菩薩、古くは武田家祈願寺

松本山大蔵経寺（しょうほんざんだいぞうきょうじ）は奈良時代
養老6年（722年）に法相宗の行基菩薩を開祖として創建されたと
伝えられています。
往古は菩提山長谷寺（ぼだいさんちょうこくじ）の本坊で、松本寺と呼ばれており、山内に物部神社を勧請し、大寺院であったようです。
応安年間（南北朝時代）足利三代将軍義満の庶子、観道上人（かんどうしょうにん）が中興開山として入山するにあたり、義満公が甲斐の守護武田信成に命じて七堂伽藍を建立させました。
この時より武田家祈願寺になっています。

江戸時代は徳川家より保護を受ける

江戸時代に入ってから、徳川家康・秀忠らによる当山護持復興に、
約30石の所領が御朱印地として安堵され、寺門は興隆をみました。その時に賜った家康公の念持仏である三面大黒天や、権現堂厨子が
現在残っています。


享保3年（1718年）甲府藩主柳沢吉里公が大般若経を寄付し、大蔵経寺に甲府城（舞鶴城）の祈願を依嘱し、毎年正月甲府城内で大般若経を転読しました。また当寺は甲府城から鬼門にあたるので、甲府城代が毎月17日、武運長久に祈願参拝したと伝えられています。
江戸期は新義真言宗檀林能撰寺格（学問所）を有し、
甲斐国真言宗七檀林の一寺とし寺門興隆の一途を辿りました。
創建以来、数度にわたる火災により堂宇は焼失してしまいました。
現在の伽藍は天保から安政年間に再建されたものです。